主编：《新中国70年重大财税改革发展回顾与展望》，中国财政经济出版社，2020年5月。
参编：《预算绩效管理理论与实践》，中国财政经济出版社，2020年3月。
参编：《全面预算绩效管理读本》，中国发展出版社，2020年5月。
编著：《美国政府预算制度》，经济科学出版社，2014年4月。
独著：《政府会计视角的中国财政透明度提升研究》，中国财政经济出版社，2012年4月。
独著：《政府鼓励研发的财税政策研究》，中国财政经济出版社，2006年12月。
参著：《政府绩效评估体系研究》，中国财政经济出版社2009年。
参著：《政府公共服务提供机构构建研究》，中国财政经济出版社2008年。
主编北京市精品教材建设资助项目：《公债管理》，北京大学出版社，2010年9月出版。
论文:
肖鹏、樊蓉.2021. 地方财政透明度对财政预决算偏离度的影响分析，中央财经大学学报，3：5-16.（被《新华文摘》2021年第14期论点摘编收录、人大复印资料《财政与税务》2021提第7期全文转载）
卫舒羽、肖鹏.2021税收优惠,财政补贴与企业研发投入--基于沪深A股上市公司的实证分析，税务研究，5：42-48.
陈凯、肖鹏.2021. 财政分权、地方政府竞争与技术创新——基于277个地级市的空间计量分析，中国科技论坛，2：74-84.
陈凯、肖鹏.2021. 中期支出框架是否降低了宏观经济波动?——基于跨国数据的实证分析，经济问题探索，2：5-16.
马海涛、肖鹏.2020. 国家治理能力提升背景下财政监督体系构建研究，行政管理改革，12：31-36.
肖鹏、樊蓉.2019. 新时代地方人大部门预算审查监督现状与提升，财政科学，11：21-29.
肖鹏、樊蓉.2019. 债务控制视角的地方财政透明度研究——基于2009-2015年30个省级政府的实证分析，财政研究，7：60-70.
肖鹏、谭锡真.2019.财政转移支付对地方财政努力度的影响——基于山东省的实证分析，山东财经大学学报，1：26-35.
陈凯、肖鹏.2019.预算绩效目标管理的国际比较与启示——基于目标设置理论的研究视角，经济研究参考，12：68-78.
肖鹏、侯思佳.2018.专项转移支付对地方教育供给的效应研究——基于31个省级面板数据的实证分析，江淮论坛，5：181-186.
马海涛、肖鹏.2018.预算项目支出标准体系建设研究——基于成本效益分析视角，经济研究参考，3：3-10
肖鹏、陈凯.2017. 地方政府债务纳入中期财政规划管理的效应研究——基于美国州政府的检验，财政研究，9：14-26.
马海涛，肖鹏.2016.国库现金流量预测研究文献综述，经济研究参考，31:4-10.
肖鹏，刘炳辰.2017．财政分权促进了城投债规模扩张吗?——来自中国的省级面板证据，江淮论坛，1：64-72．
肖鹏，刁晓红．2016．营业税改增值税对CPI的影响的实证分析——基于上海市的样本分析，财政研究，4：82-92．
肖鹏，刘炳辰．2015．财政透明度的提升缩小了政府性债务规模吗？——来自中国29个省的证据，中央财经大学学报，8：20-28．
肖鹏，张秀群．2014．财政投资对私人投资的挤出效应分析——基于中国1981-2012年数据的实证检验，财政研究，9：57-60．
肖鹏，阎川．2013．中国财政透明度提升的驱动因素与路径选择研究——基于Panel Data的28个省级数据的实证分析，经济社会体制比较， 4：205-212．
杨华，肖鹏．2011．日本解决地方财政困境的改革措施与启示，经济理论与经济管理，10:98-104．
肖鹏，黎一璇．2011．所得税税收减免与企业研发支出关系的协整分析——基于全国54个国家级高新区的实证研究，中央财经大学学报，8：15-19．
肖鹏，李燕．2011．基于luder政府会计环境评估模型的中国财政透明度研究，公共行政评论:4：140-157．
肖鹏，李燕．2011．预算透明：环境基础、动力机制与提升路径，财贸经济，1：23-27．
杨华，肖鹏．2012．日本政府会计改革的经验与启示，中国行政管理:4：93-96．
肖鹏．2010．预算透明：理念、动力机制与提升路径，财政研究，12：50-52．
肖鹏．2010．基于防范财政风险视角的政府会计改革研究，会计研究，6：22-27（人大复印资料《财务与会计》2010年第9期全文收录）．
肖鹏，吴永红．2009．企业研发投入的税收优惠政策差异：国际经验与启示，改革，4：93-99．
科研项目:
主持：研究阐释党的十九届五中全会精神国家社科基金重大项目《深化预算管理制度改革研究》（立项号：21ZDA043），2021.03-2022.12
参与：财政部财税改革专家工作室、预算司、国库司《建立健全财政资金直达机制研究》，2020.10-12。
主持：财政部国库司，《关于完善国家金库管理体制的研究》，2021.3-11。
主持：广西壮族自治区人大常委会，《广西财政预算项目支出定额标准体系建设研究》，2020.7-12。
主持：中国发展研究基金会，《全面预算绩效管理读本》，2019.6-12。
主持：全国预算与会计研究会，《地方国库现金管理高质量发展研究》，2019.6-12.
主持：北京市发展改革委员会，《均等化目标下的北京市基本公共服务清单财力保障机制研究》，2017-2018。
参与：世行“财政与国家治理”技援项目——《现代财政资金收支运行机制研究》，2020.3-2020.12。
主持：世行“财政与国家治理”技援项目“政府综合财务报告制度及国库管理相关问题研究”子项目——《国库现金流量预测体系建设——按日预测体系建设研究》，2018.3-2018.12。
参与：亚行项目《支持河南省公共部门改革研究——项目支出基准体系建设研究》，任项目组副组长，2018.9-2019.12。
主持：中国发展研究基金会，《国外预算绩效目标管理历程、制度框架与启示》,2017-2018。
主持：国家社科基金项目，《中国财政透明度提升的环境驱动因素与“度”的衡量研究》，项目编号：13CJY113），2013-2016。
主持：北京市哲学社会科学规划项目，《财政信息公开的驱动因素与效应研究——基于北京市现实》，项目编号：12KDB013，2012-2015。
主持：北京市哲学社科规划项目，《跨年度预算平衡机制构建与北京市引入中期预算管理研究》，项目编号：15JGB108，2015-2017。
主持：财政部省部共建课题，《现代财政制度下的财政监督理论与制度创新》，2017-2018。
主持：财政部预算评审中心，《国外预算支出标准编译》，2016.7-2017.3。
主持：中信银行股份有限公司，《中央地方国库现金管理及财政管理研究》，2016.1-2017.12.
主持：中国发展研究基金会，《中国新型城镇化进程中的PPP项目试点与评估》，2015.6-2015.12.
主持：毕马威会计师事务所，《政府会计准则的实施机制研究》，2015.6-2015.12.
参与：国家社科基金重点项目（子课题负责人），《现代预算制度构建研究》（资助号：14AZD022），2014-2016。
参与：中央财经大学重大基础研究科研课题培育项目（子课题负责人），《国家治理能力提升下的政府施政行为规范研究》，2014-2016。
主持：教育部人文社会科学一般项目，《所得税税率优惠与企业研发支出的关系，基于Panel Data的全国54个国家级高新区的实证研究》，项目编号：09YJC790272，2009-2011。
主持：黑龙江省人大预算工作委员会委托项目，《政府间事权与支出责任划分研究——基于黑龙江的案例研究》，2014.5-2014.8。
主持：北京市预算会计研究会委托项目，《完善北京市国有资本经营预算制度研究》，2014.4-2014.10。
主持：中国国际经济交流中心，《绿色经济发展模式研究》，2010-2011。
主持：北京用友政务软件公司，《财政管理理论与实践创新研究》，2011-2012。
